En 1987 Christophe Perton fonde sa compagnie à Lyon et présente d’année en année des textes de Strindberg, Robert Pinget, Harald Mueller, Jakob Lenz. Le ministère de la Culture soutient sa démarche artistique en apportant son aide à sa compagnie dès 1988.

De 1989 à 1992 il est artiste associé au Théâtre de Vénissieux dans la banlieue de Lyon.

En 1993 il est nommé artiste associé au Théâtre de Privas et partage ses activités entre un travail de création décentralisé, le « Théâtre de parole » et de nombreuses créations diffusées sur le réseau national avec notamment Les Soldats de Jakob Lenz. Peter Brook découvre ce spectacle et soutient son travail.

Bernard Sobel qui dirige le CDN de Gennevilliers l’invite pour y présenter plusieurs créations : Faust de Nikolaus Lenau (Festival de Berlin), Affabulazione de Pasolini, en 1995.

Roger Planchon l’invite au TNP de Villeurbanne : Médée de Sénèque en 1997.

En 1998 il décide de mettre un terme à sa résidence et crée Les gens déraisonnables sont en voie de disparition de Peter Handke qui marque la fin de l’aventure à Privas. Le spectacle créé au Théâtre National de la Colline marque le début d’une relation suivie.

Christophe Perton poursuit alors un parcours en fidélité avec quelques théâtres en France. Théâtre de la Ville de Paris : en 1999 il crée La Chair empoisonnée de Kroetz. Alain Françon l’invite en 2000 au Théâtre de la Colline : 14 isbas rouges d’Andreï Platonov.

Avec Simon Boccanegra de Verdi à l’Opéra de Nancy (1999) il aborde l’univers du théâtre lyrique. La saison suivante, il crée Didon et Enée de Purcell à l’Opéra de Genève (automne 2001), dans une double mise en scène qui connaitra un grand succès critique et public.

En janvier 2001, Lear d’Edward Bond au Théâtre de la Ville de Paris et à la Comédie de Valence, marque le début de son travail à Valence.

Il est nommé par Catherine Tasca en janvier 2001 à la direction de la Comédie de Valence, devenue à cette occasion Centre Dramatique National.

En 2002 il crée Notes de Cuisine de Rodrigo Garcia dont il réalise aussi la scénographie, le spectacle est repris au TNP de Villeurbanne et en tournée nationale. La même année il présente Monsieur Kolpert de David Gieselmann avec les acteurs de la troupe permanente qu’il a fondé à Valence. Le spectacle sera repris en tournée durant 3 ans.

Théâtre de la Ville à Paris : 2004, Le Belvédère d’Ödön von Horvath au Théâtre du Rond Point, L’Enfant froid de Marius von Mayenburg en 2005.

Opéra National de Lyon, Pollicino, un opéra de Hans Werner Henze en 2006.

Théâtre du Rond Point : Hilda de Marie NDiaye, en 2006, Théâtre de l’Est Parisien : Acte de Lars Noren en 2006

En 2007, Hop là nous vivons d’Ernst Toller, en co-production avec le Théâtre de la ville de Paris, avec la Comédie de Genève et le TNP de Villeurbanne.

Ce spectacle est nominé aux Molières et remporte le prix du Syndicat national de la critique du meilleur spectacle 2008 en région.

Opéra de Genève : Opéra français de Jacques Lenot d’après Jean-Luc Lagarce en 2008.

Festival d’Alba la Romaine : L’Annonce faite à Marie de Paul Claudel en 2008. Berliner Ensemble à Berlin : La Dernière bande de Samuel Beckett en 2008

Roberto Zucco de Bernard Marie Koltès créé à Valence en avril 2009 et à Genève sera repris en tournée dont le Théâtre des 13 vents à Montpellier.

En septembre 2009 il écrit et réalise un premier long-métrage : The man I love. En 2009 il écarte la proposition d’un nouveau mandat pour refonder une nouvelle structure indépendante : SCÈNE&CITÉS et poursuit en indépendant au théâtre.

Comédie Française : 2010 La Folie d’Héraclès d’Euripide au Théâtre du Vieux Colombier.

Théâtre National de la Colline : Les Grandes Personnes de Marie NDiaye en 2011. Adaptation cinématographique du roman de Marie Ndiaye, Trois femmes puissantes. Théâtre du Rond Point : deux pièces inédites de Peter Handke en 2012 et 2013. Cinéma : il écrit et réalise pour le cinéma un court métrage avec Isabelle Carré.

Opéra Bastille : Don Giovanni de Mozart à la MC93 de Bobigny en 2014.

Printemps des comédiens : Une vitalité désespérée d’après Pasolini en 2014. ENSAD à l’invitation de Richard Mitou.

Théâtre du Rond-Point : L’Avantage avec les animaux Rodrigo Garcia en 2015.

Cinéma : Il écrit et réalise en 2016 un court métrage avec le soutien du CNC, interprétée par Cosmina Stratan (Palme d’or meilleure actrice à Cannes en 2012).

Festival d’Avignon : Une vitalité désespérée en 2016 – reprise en Suisse et France. Prix du Club de la Presse : meilleur spectacle Avignon off.

En 2017 une nouvelle création en coproduction avec le Théâtre Liberté de Toulon : Au but de Thomas Bernhard avec Dominique Valadié.

Projet 2018 : adaptation pour le théâtre de Solaris d’après Stanislas Lem avec notamment Charles Berling et Samuel Theis.